profit

Да. Все верно. Проблема с этим. Вы просто молодец, что заметили проблему в статье 2011 года моих университетских времен 🙂
Основной посыл статьи в том, что метод clear ничерта не работал:)

for (int i = 0; i < dataGridView2.Rows.Count; i++)

При каждом входе в цикл проверяется Count. Раз вы удаляете одну строку в каждом шаге цикла, то Count будет каждый раз уменьшаться. У вас i завязан на текущее кол-во строк. Поэтому и удаляется только половина.
1) i=0; Count=4;
2) i=1; Count=3;
3) i=2; Count=2;//И тут вы неожиданно выходите из цикла, потому что отладкой пользоваться не умеете.
Если бы вы сначала запомнили где-то Count, а потом сравнивали i с запомненным, то все было бы норм.

dataGridView1.Rows.Count = 0

Сount – только на чтение

А если данные через DataSource, тогда .Rows.Clear() не поможет.
Тут нужно сделать вакуум в DataSource:
dataGridView1.DataSource = new object();

Нет.